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根据系统中氧气的存在,粉碎步骤也有所不同。在有氧的情况下,微生物对物质的分解为好氧消化,在无氧的情况下,生物医用高分子材料物质分解为厌氧消化。这些过程之间的主要区别是,厌氧反应产生甲烷,而好氧反应没有(但两者都产生二氧化碳、水、某些残留物和新物质)。此外,好氧消化通常比厌氧消化发生得更快,它能更好地减少物料的体积和质量。由于厌氧消化能减少废料的体积和质量,并生产天然气,因此,厌氧消化技术被广泛用于当地的废物处理系统中,作为可再生能源。
然后,由生物降解产生的产物被整合进微生物细胞中,进入同化期。有些降解产物可以很容易地通过膜载体将其运送到细胞内。但是,其他的一些产物仍然需要生物转化反应来产生能够被细胞运输的产物。产品进入细胞后,进入分解代谢途径,产生三磷酸腺苷或细胞结构素。
